Na zasób Archiwum składają się materiały archiwalne związane z działalnością i funkcjonowaniem: Wyższej Szkoły Rolniczej im. H. Kołłątaja w Krakowie z lat 1953 - 1972, Akademii Rolniczej im. H. Kołłątaja z lat 1973 – 2008 oraz Uniwersytetu Rolniczego (od 2008 – obecnie).

Do najważniejszych zespołów należą:

1. Akta studenckie (kat B50) z poszczególnych Wydziałów Uczelni:
   1. Wydział Rolniczo-Ekonomiczny (wcześniej Wydział Rolny) 1953-2011,
   2. Wydział Hodowli i Biologii Zwierząt (wcześniej Wydział Zootechniczny) 1953-2012,
   3. Wydział Leśny 1953-2011,
   4. Wydział Inżynierii Środowiska i Geodezji (wcześniej Wydział Melioracji Wodnych) 1955-2012,
   5. Wydział Biotechnologii i Ogrodnictwa (wcześniej Wydział Ogrodniczy, Biotechnologia Studia Międzywydziałowe) 1966-2009,
   6. Wydział Inżynierii Produkcji i Energetyki (wcześniej Wydział Techniki i Energetyki Rolnictwa, Wydział Agroinżynierii) 1977 – 2009,
   7. Wydział Technologii Żywności  (wcześniej Oddział Technologii Żywności) 1974-2010.
   8. Zamiejscowy Oddział Ekonomiki i Obrotu Rolnego w Rzeszowie (1973-2001)
2. Akta pracowników Uczelni z lat 1953-2014:
   1. profesorów i samodzielnych pracowników naukowych,
   2. pozostałych pracowników naukowych,
   3. pracowników Biblioteki Głównej i administracji,
   4. pracowników technicznych,
   5. pracowników Rolniczych Zakładów Doświadczalnych.
3. Akta działalności poszczególnych jednostek, protokoły posiedzeń organów kolegialnych:
   1. akta z Biura (dawniej Sekretariat) Rektora: działalność, korespondencja, pamiątki z kadencji poszczególnych Rektorów Uczelni,
   2. Protokoły posiedzeń Senatu Akademickiego (1953-2008),
   3. Protokoły posiedzeń Rad wydziałów (1953-2009),
   4. teczki przewodów doktorskich i habilitacyjnych z poszczególnych wydziałów,
   5. teczki przewodów doktoratów honoris causa wraz z kolekcją dyplomów,
   6. akta z Działu Kadr i Działu Nauki,
   7. wnioski o nadanie tytułów naukowych z Działu Rozwoju Naukowego Nauczycieli Akademickich,
   8. akta działalności dziekanatów poszczególnych Wydziałów Uczelni,
   9. akta z Sekretariatu Uczelni,
   10. akta z działalności Wydawnictwa i Biblioteki Głównej,
   11. akta Rolniczych Zakładów Doświadczalnych (Mydlniki, Brzesko-Okocim, Prusy): działalność, kartoteki finansowe, listy płac, mapy,
4. Zbiory audiowizualne:
   1. Zdjęcia w formie odbitek dot. najważniejszych wydarzeń i uroczystości z życia Uczelni, fotografie osobowe, dokumentacja obiektów,
   2. zdjęcia w formie cyfrowej z Działu Aparatury Naukowo-Dydaktycznej,
   3. filmy,
   4. nagrania posiedzeń Rady Wydziałów,
   5. plakaty, ulotki i zaproszenia.
5. Zbiór prac dyplomowych:
   1. prace inżynierskie, licencjackie i magisterskie w wersji papierowej
   2. prace doktorskie i habilitacyjne
   3. prace dyplomowe w formie cyfrowej.
6. Eksponaty muzealne z Muzeum Uniwersytetu Rolniczego
7. Podręczny księgozbiór.

Dodatkowo do zasobu Archiwum wchodzą także akta związane z historią rolnictwa i jego nauczania w Krakowie od końca XIX wieku, Studium Rolniczego Uniwersytetu Jagiellońskiego (1891-1923), Wydziału Rolniczego Uniwersytetu Jagiellońskiego (1923-1953) oraz innych ośrodków nauczania rolnictwa, towarzystw naukowych, organizacji społecznych, politycznych i studenckich. M.in.:

1. Spuścizny profesorów Studium Rolniczego i Wydziału Rolniczego UJ (1891-1953),
2. Działalność Kółka Rolników Wszechnicy Jagiellońskiej,
3. Polskie Towarzystwo Zootechniczne,
4. Kluby Studenckie Akademii Rolniczej "Arka" i "Buda",
5. Związek Młodzieży Wiejskiej,
6. Związek Bojowników o Wolność i Demokrację Akademii Rolniczej,
7. NSZZ "Solidarność" w Akademii Rolniczej,
8. Naczelna Organizacja Techniczna,
9. Akademia Rolnicza w Dublanach,
10. Główna Szkoła Gospodarcza Żeńska w Snopkowie k/Lwowa,
11. Wydział Rolniczy Uniwersytetu im. Stefana Batorego w Wilnie,
12. „Losy absolwentów” dokumenty związane z absolwentami szkół rolniczych, w szczególności Studium Rolniczego i Wydziału Rolniczego Uniwersytetu Jagiellońskiego.