Biblioteka Główna Wyższej Szkoły Rolniczej w Krakowie była miejscem, w którym od samego początku jej istnienia zbierano materiały archiwalne dot. historii nauk i studiów rolniczych na terenie ośrodka krakowskiego. Stanowiły je: świadectwa, dyplomy, życiorysy profesorów, ludzi związanych z rolnictwem i dziedzinami pokrewnymi, pamiątki po studentach, fotografie. Dodatkowo zbierano także materiały z bieżącego życia Wyższej Szkoły Rolniczej (pamiątki po pierwszych rektorach i okresach ich urzędowania, protokoły posiedzeń organów kolegialnych Uczelni, akta pracowników i studentów). Potrzeba utworzenia jednostki, której celem byłoby zbieranie, ewidencjonowanie i opieka nad zbiorami archiwalnymi zaistniała już w latach 60. Dwukrotnie podczas obrad Senatu (1960, 1962) debatowano nad powołaniem Archiwum, jednak braki lokalowe w rozwijającej się Uczelni spowodowały przesunięcie się terminu otwarcia jednostki.

Archiwum przy Bibliotece Głównej Wyższej Szkoły Rolniczej im. Hugona Kołłątaja w Krakowie zostało powołane zarządzeniem rektora prof. Tadeusza Reubenbauera z dn. 23 VII 1970 r. w oparciu o uchwałę Senatu z dn. 16 IV 1970 r. Inauguracja jego działalności nastąpiła w dniu 1 IX 1970 r. Dużą rolę w jego powstaniu odegrał ówczesny dyrektor Biblioteki Głównej dr Zdzisław Kosiek, dzięki któremu powstało także w 1973 roku Muzeum Akademii Rolniczej. Kilka następnych lat było okresem formowania się jednostki, która ostatecznie w dniu 8 V 1973 r. weszła w skład Sekcji Dokumentacji w Oddziale Informacji Biblioteki Głównej AR. Obecnie Archiwum jest częścią Biblioteki Głównej Uniwersytetu Rolniczego, a nadzór nad jego pracą sprawuje dyrektor biblioteki.

Działalność Archiwum była i jest ukierunkowana na gromadzenie i przechowywanie materiałów archiwalnych o charakterze historycznym oraz dokumentacji bieżącego życia Uczelni. Dotyczą one działalności Studium Rolniczego oraz Wydziału Rolniczego UJ, Wyższej Szkoły Rolniczej, Akademii Rolniczej i Uniwersytetu Rolniczego im H. Kołłątaja w Krakowie. W Archiwum znajduje się także liczna grupa archiwaliów związana z innymi ośrodkami rolniczymi oraz towarzystwami, organizacjami i postaciami, z których wywodziły się późniejsze środowiska Wyższej Szkoły Rolniczej i jej spadkobierców.

Dzięki wielu działaniom podejmowanym przez pracowników Biblioteki  i Archiwum udało się także zebrać wiele materiałów archiwalnych związanych z okresem poprzedzającym powstanie Wyższej Szkoły Rolniczej. Od 1984 r. prowadzona była akcja związana ze 100-leciem nauczania rolnictwa w Krakowie, mająca na celu zabezpieczanie materiałów archiwalnych związanych ze szkołami i uczelniami rolniczymi, znajdującymi się obecnie poza granicami Polski, a także pamiątek po pracownikach wywodzących się z Uniwersytetu Jagiellońskiego, będących nestorami nauk rolniczych w Krakowie. Dzięki ankietom wysyłanym do byłych absolwentów udało się zebrać wiele ustnych, pisemnych relacji członów rodzin, a także pojedynczych dokumentów, metryk urodzenia, życiorysów, świadectw szkolnych, dyplomów, nominacji i fotografii. W ten sposób udało się odtworzyć zespoły akt osobowych profesorów i asystentów związanych z Uniwersytetem Jagiellońskim, m.in.: Edwarda Janczewskiego (1846-1818), Waleriana Kleckiego (1868-1920), Romana Prawocheńskiego (1877-1965), Edwarda Ralskiego (1901-1940), Kazimierza Roupperta (1879-1946) Stanisława Rostworowskiego (1888-1944), Tadeusza Sikorskiego (1864-1936) Teodora Spiczakowa (1879-1946) Stefan Surzyckiego (1864-1936), Szymona Wierdaka (1883-1949), Jana Włodka (1885-1940), Władysława Vorbrodta (1883-1940), a także najważniejszych postaci, które tworzyły Wyższą Szkołę Rolniczą w Krakowie w latach 50 XX wieku. Należą do nich dokumenty Władysława Bielańskiego (1911-1982), Juliusza Jakóbca (1905-1968), Jana Kiełpińskiego (1900-1985), Edwarda Komarnickiego (1912-1992), Mieczysława Nowaka (1903-1992), Michała Wójcickiego (1892-1968).

Udało się także zebrać liczne materiały archiwalne związane z Akademią Rolniczą w Dublanach pod Lwowem, Wydziałem Rolniczo-Lasowym Politechniki Lwowskiej, Wydziałem Rolniczym Uniwersytetu im. Stefana Batorego w Wilnie, Główną Szkołą Gospodarczą Żeńską w Snopkowie, Krajową Średnia Szkołą Rolniczą w Czernichowie. W skład tych zbiorów wchodzą zdjęcia, dyplomy, indeksy, korespondencja, a nawet zeszyty z notatkami z zajęć. Wraz z materiałami archiwalnymi, luźno związanymi z krakowskim ośrodkiem edukacji rolniczej, weszły one w skład zbioru o nazwie „Varia”.

Innymi archiwaliami, które udało się pozyskać dzięki akcji związanej ze stuleciem studiów rolniczych w Krakowie w 1990 r., były tzw. „Losy absolwentów”, obejmujące dokumenty związane z absolwentami szkół rolniczych z terenu Krakowa i Polski południowej, m.in. Juliusza Poniatowskiego – ministra rolnictwa w okresie II RP, Tadeusza Twardzickiego – znanego hodowcy bydła rasy polskiej czerwonej czy Fryderyka Zolla – profesora UJ i SGGW.

Zebrano również liczne rękopisy i maszynopisy pamiętników i wspomnień profesorów, asystentów i absolwentów studiów rolniczych, szczególnie Studium i Wydziału Rolniczego UJ oraz Wyższej Szkoły Rolniczej, a także część dokumentacji przedwojennych katedr Wydziału Rolniczego, np. Zakładu Inżynierii Rolniczej czy Katedry Maszynoznawstwa Rolniczego oraz towarzystw, organizacji i stowarzyszeń studenckich, takich jak: Kółko Rolników UJ, Akademickie Koło Ochrony Roślin UJ, Korporacja „Corolla” czy Związek Młodzieży Wiejskiej.

Spośród bieżącej dokumentacji życia Uczelni od pierwszych lat istnienia Archiwum aż po dzień dzisiejszy najważniejszymi materiałami przekazywanymi do jednostki były: Protokoły posiedzeń Senatu, Protokoły posiedzeń Rad Wydziałów, akta studenckie i pracownicze, akta działalności poszczególnych jednostek (m.in. zlikwidowanych na początku lat 90 XX wieku - Rolniczych Zakładów Doświadczalnych), dyplomy doktorów h.c., wycinki prasowe, zaproszenia na liczne sesje naukowe, konferencje, spotkania, a także fotografie, których zbiór wynosi ok. 8 tysięcy odbitek. Z Sekretariatu, a następnie Biura Rektora przekazywane były pamiątki i dokumentacja, związana z urzędowaniem poszczególnych Rektorów Uczelni, od pierwszego prof. Józefa Kubicy po współczesnych.

W latach 2000-2009 najważniejszymi działaniami podejmowanymi przez Archiwum było przejęcie dokumentacji dawnej filii Akademii Rolniczej w Rzeszowie (teczki pracownicze, akta studenckie, akta działalności zamiejscowego Wydziału) od momentu jej powołania aż po zakończenie działalności w strukturach Akademii Rolniczej w 2001 roku.

W ostatnich latach Archiwum powiększyło znacznie swój zasób, szczególnie o akta studenckie oraz zbiór prac dyplomowych w formie papierowej i elektronicznej. Współpraca z Działem Aparatury Naukowo-Dydaktycznej zaowocowała przekazaniem dużej liczby zdjęć i filmów w wersji cyfrowej. Stanowią one doskonałe źródło do najnowszych dziejów Uczelni. W latach 2012-2015 przejęto także w całości zespół akt studentów Wydziału Leśnego obejmujący ok. 9 tysięcy teczek  uczestników studiów dziennych i niestacjonarnych.

Początkowo Archiwum zajmowało jedno pomieszczenie - pracownię, bez własnych magazynów. Rozwój zasobu doprowadził do szeregu zmian i stopniowego przenoszenia zbiorów do Collegium Janczewskiego (dawny budynek Wydziału Ogrodniczego, tzw. „dworek”) w 1983 r. Kolejną, ostatnią już zmianą, było w 1996 roku, z inicjatywy rektora prof. dr hab. Kazimierza Kosiniaka – Kamysza, ulokowanie Archiwum w nowoczesnych pomieszczeniach zaadaptowanych na potrzeby magazynów archiwalnych, w budynku stołówki uniwersyteckiej. Obecnie Archiwum zajmuje 10 pomieszczeń, w tym 2 wyposażone w nowoczesne regały jezdne, mogących pomieścić kilkanaście kilometrów bieżących akt. 

Archiwum uczelniane jest szczególnym typem jednostki, która posiada określone obowiązki i przywileje. Dysponuje bowiem tzw. zasobem powierzonym. Oznacza to, iż nie ma obowiązku przekazywania akt wytworzonych przez Uczelnię do Archiwum Narodowego. Przechowywanie ich odbywa się na terenie Uczelni, ale stanowią one część narodowego zasobu archiwalnego.  Archiwum, w ramach tzw. nadzoru nad narastającym zasobem, jest poddawane kontrolom ze strony Archiwum Narodowego, które gruntownie poddaje analizie wszystkie najważniejsze aspekty jego funkcjonowania, w tym przestrzenie prawodawstwa w zakresie archiwistyki.  

Do najważniejszych aktów prawnych regulujących funkcjonowanie Archiwum należą: „Ustawa o narodowym zasobie archiwalnym i archiwach z dnia 14 VII 19183 r. wraz z jej nowelizacjami” oraz wewnętrzne zarządzenia Rektora Uniwersytetu, takie jak Instrukcja kancelaryjno-archiwalna oraz Instrukcja dot. zasobu historycznego. Archiwum jest jednostką, w której sprawy administracyjne łączą się z życiem naukowym. Z praktycznej strony pracownicy zajmują się m.in. wystawianiem zaświadczeń potwierdzających stan odbytych studiów, wyszukują informacji dot. poszczególnych osób, gromadzą dokumentację bieżącą, z innej zaś kwerendy archiwalne służą pomocą przy badaniach naukowych dot. historii nauczania rolnictwa, dziejów Uczelni czy biografii zasłużonych osób. W Archiwum znajduje się podręczny zbiór książek i opracowań, powstałych w oparciu o źródła zdeponowane w jednostce. Są to między innymi księgi jubileuszowe Uczelni, poszczególnych wydziałów, monografie o charakterze naukowym i popularno-naukowym.